El principio de desinfección del hipoclorito de sodio incluye principalmente tres aspectos:
El ácido hipocloroso se forma por hidrólisis y luego se descompone para formar nuevo oxígeno ecológico. La fuerte propiedad oxidante del nuevo oxígeno ecológico desnaturaliza sustancias como las proteínas de las bacterias y los virus, matando así a los microorganismos patógenos.
El ácido hipocloroso puede penetrar en las bacterias (virus) y reaccionar con polímeros orgánicos como proteínas bacterianas (virales), ácidos nucleicos y enzimas, matando así a los microorganismos patógenos.
Los iones de cloruro producidos por el ácido hipocloroso pueden cambiar significativamente la presión osmótica de las bacterias y los virus, provocando que sus células pierdan actividad y mueran.